Bootstrap + Vue

[ArturoGallegos]

Claro que puedes, al correr tu proyecto se toma tu archivo HTML tal cual lo tienes y solo se inyecta el nuevo contenido, no necesitas incluirlo por Webpack

Los que si dan problemas aveces es cuando quieras utilizar jQuery por ejemplo y ejecutar la función dentro de Vue te va mandar por un tubo ya que se necesita cargar mediante Webpack o en su defecto avisarle que ira por otro lado.