¿Cómo mejoro el código para evitar el uso de funciones JS por consola?

[ArturoGallegos]

tu problema no es como tal la consola, es problema de tu PHP, lo que debes hacer es validar si el usuario en cuestión tiene permiso o no para hacer dicha actividad.

supongamos que manejas roles, al enviar la instrucción de borrar lo primero que debes hacer es verificar que el usuario este logeado y en su caso cuente con el rol adecuado, en caso contrario detienes la ejecución y mandas un error/advertencia.

Como programador no vale estar preocupado por la consola si los procesos realmente se realizan del lado del servidor.