Bueno, si bien el Joomla como tal no es el problema tienes que revisar los requerimientos que tiene el sistema que esta ubicado en:
http://ciama-mex.org/biblioteca/opac_css/
esto se muestra efectivamente en Joomla! a traves de un iframe... creo yo que es un problema de charset mal definido, codificación de lenguajes y caracteres.
Saludos!