Hola, yo el código que tengo es el siguiente y funciona. Pide permiso para ejecutar la operación y se puede incluir en un formulario. Espero que te ayude.
Código HTML:
function confirmar()
{
var mensaje;
var opcion = confirm("¿Realmente quieres realizar la operación?");
if (opcion == true) {
return true;
} else {
return false";
}
}
<input type=submit onclick="confirmar()">Click para eliminar</input>