Hola camaron2004,
Lo primero es que estás pidiendo una solución de JavaScript en el foro de PHP, hay que fijarse y efectuar cada pregunta donde corresponde.
Por otra parte, lo que pides es algo así:
Código PHP:
Ver originaljavascript:if(confirm('Realmente desea eliminar el registro con Id <?php echo $row['id']; ?> ')){window.location='borrar.php?id=<?php echo $row['id'];?>
Espero que te sirva y lo puedas adaptar a tus necesidades.