Ya le di una revisada y el tema de los fragment es realmente sencillo, en 30 minutos tengo todo lo necesario
Basado en mis pruebas experimentales te puedo decir que tu codigo es correcto y funciona 100% como debe de ser, lo que tienes aquí es un problema en tu lógica.
Boton 2 no es parte del fragment, esta afuera de este y abajo de el tienes el fragment tal cual aparece en tu codigo que muestras en tu primer post, el hecho de que cambie el fragment no hace que este se oculte ni mucho menos.
tus opciones son, acomodar el botton y el fragment de forma que no se empalmen, utilizando margenes o distancias fijas entre ellos.
O bien si deseas que desaparezca el botón, en lugar de fragment utiliza actividades como en el link que te deje
https://developer.android.com/traini...vity?hl=es-419