comas en Json

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hay muchas formas, pero creo que la mejor es la de creando otro array, y luego mostrar el JSON
pero con lo que tienes ahora, solo es cuestion de controlarlo con unas variables y los bucles

Código PHP:

<?php 
$url = "https://rafelcf.000webhostapp.com/rafel_cf/1.php";
 
echo '[' ;
$coma='';
$data = file_get_contents($url);
$pendientes = json_decode($data, true);
 
    foreach ($pendientes as $indice => $valor) {        
        foreach($valor as $indice1 => $valor1){            
        
            if($valor1 == "Pendiente"){
                echo $coma;
                echo json_encode($valor);
                $coma=',';
                break;
            }
        }        
    }
echo ']';
?>