Después de leer y re-leer el código, me di cuenta de que es un error en la sintaxis, les dejo el código correcto por si a alguien le sirve.
Código:
if ((l1 == "") && (l2 == "") && (l3 == "")) {} else
if (l1 == l2) {
alert('El laboratorio 2 no puede ser igual que el laboratorio 1');
return false;
}
if ((l1 == "") && (l2 == "") && (l3 == "")) {} else
if (l2 == l3) {
alert('El laboratorio 3 no puede ser igual que el laboratorio 2');
return false;
}
if ((l1 == "") && (l2 == "") && (l3 == "")) {} else
if (l1 == l3) {
alert('El laboratorio 3 no puede ser igual que el laboratorio 1');
return false;
}
Saludos