Hola,
En los ficheros puedes hacerlo siempre que sea pisar la linea, sin añadir ni quitar ningun caracter. Seria colocarte en la posicion con fseek() (
www.php.net/fseek) y empezar a pisar a partir de ahi. Si los datos nuevos son mas grandes que los antiguos, pisaras la siguiente linea. Si son mas cortos, te quedaran caracteres de los datos antiguos.
La solucion mas segura es volver a escribir el fichero completo hasta el final.
Saludos.