@domichis ya te explique yo anteriormente porque opino que no entra en juego el php en cuanto a crear un menú.
Creo que este hilo ya se ha desvirtuado demasiado, voy a solicitar sea cerrado por el moderador de esta sección, te recomiendo crees un nuevo tema donde publiques el código con el que tienes problema., y aunque no te guste, por favor no mezcles temas, si tienes problemas con un menú limitate a publicar tu html, css y js (sin php) necesario para emular el problema, explica que es lo que no te cuadra y ayudaremos en consecuencia.
Si es problema de seguridad, base de datos u otro publica ese código.
Viendo tu código quizás tengamos mas referencia y una visión mas clara de como vez tu las cosas.
Como nota, para explicarnos tu problema no publiques ejemplos como
Cita: <li>-Uno</li> Padre
--uno.uno --hijo
--uno.dos -- hijo
--uno.tres -- hijo
---uno.tres.uno ---nieto
---uno.tres.dos --- nieto
Eso no ayuda en nada, muéstranos tu código real para ver realmente los fallos.