Prueba agregando estas lineas en el archivo htaccess del directorio raiz o public_html:
Asegurate de modificar ejemplo.com y mi_directorio...
Código:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?ejemplo.com$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/mi_directorio/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /mi_directorio/$1
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?ejemplo.com$
RewriteRule ^(/)?$ mi_directorio/index.php [L]
</IfModule>