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Iniciado por azaz 
-Que modelo de bases de datos se crean para este tipo de aplicaciones?
No hay un modelo estándard, depende de que tantas capacidades tendrá tu sitio. Mi anterior trabajo era justamente en un protal de anuncios clasificados y la base de datos era bastante compleja por las cantidades opciones que manejabamos (no era solo de inmuebles). Tendrás que diseñar tu mismo tu base de datos, quizá puedes buscar algún modelo
por ahi para basarte pero depende enteramente de tu sitio.
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Iniciado por azaz -Si la aplicacion principal tiene un modelo de base de datos y esta aplicacion tiene un apartado independiente que esta en la aplicacion principal pero no pertenece totalmente a ella, se debe crear otra base de datos para esta o se suele utilizar la misma?
No necesariamente, puedes usar otra tabla si tienen cierta relación.
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Iniciado por azaz Nadie me puede aclarar la siguiente duda, segun lei y relei llege a esta conclusion, en el caso de ser una web de anuncios clasificados tipo idealista el motor a usar seria MyIsam por la razon que tiene muchos mas select que insert o update aparte los insert y update son cada uno para su registro es decir los anuncios se modifican individualmente, de todas formas el modelo conceptual y fisico debe ser igual que si fuera un modelo de entidad relacion porque esa relacion sigue existiendo solo que no tiene la integridad de datos(entonces cuidado con esto).
Estoy en lo cierto o tengo mal el concepto?
Pues depende totalmente, por ejemplo MyISAM no soporta llaves foraneas lo cual sería bastange util en un sitio como el que comentas, yo incluso no usaria la base de datos para busquedas y flitrado por ejemplo usaría algo como ElasticSearch.
Todo se resume a "depende de tu caso". Se que no es la respuesta que querías oír, pero es la realidad.
Saludos
