Lo mas probable es que tengas problema de permisos, aun cuando exista el archivo si no tiene los permisos correctos sera como si no existiera.
Yo suelo ejecutar esta query para nuevas instalaciones
wp core download --locale=es_ES && wp config create --dbname=test123 --dbuser=root --dbpass=root --locale=es_ES && wp db create && wp core install --url=http://developer.dev/test123 --title="Wordpress Development" --admin_user=admin --admin_password=123
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Con eso ya no tienes que tocar nada, solo se descarga, configura, crea base de datos y se instala.