Posteanos el SHOW CREATE TABLE de la tabla en cuestión. SUponiendo que "pruebas" sea tu tabla, necesitamos lo que devuelva esto:
MySQL NUNCA se equivoca. Si dice que la clave se duplica, es que lo hace. Lo que hay que verificar es por qué causa, y lo primero que hay que mirar es la definición física de la tabla y su PK.