para empezar debes colocar el fracmento de codigo para darte la respuesta, pero a simple vista se podria hacer algo asi
Código PHP:
Ver original<?php
if($condicion){
?>
<scritp>AQUI EL ALERT</script>
<?php }else{ ?>
<scritp>AQUI EL ALERT</script>
<?php } ?>
pero todo va a depender de como estes ejecutando la validacion y todo eso