Link canonical se usa para marcar en un mismo contenido cuál es el principal, por ejemplo una url a la que le añades parámetros de las redes sociales /algo.html#twitter es la misma que /algo.html. En casos de este tipo es cuando se usa canonical.
Un ejemplo práctico en este foro:
http://www.forosdelweb.com/f64/conse...nical-1160019/ <--- esta url tiene canonical.
Tambié se puede accede a cada respuesta:
http://www.forosdelweb.com/f64/conse...9/#post4822518
Un saludo.