Es buena practicar crear varias bases de datos y relacionarlas

[mortiprogramador]

Saludo

Creo que se han dado distintos puntos a priori.
Falta conocer más respecto al ámbito en el cual
están manejando la aplicación.

Sería bueno saber si la aplicación es a nivel interno
(intranet o similares) o interno (hosting, cloud, etc)

Esto porque por ej, en el caso de servicios hosting
en algunos proveedores hay limitantes de uso de bds,
e incluso tablas.

Igualmente, saber cuál motor de base de datos se está usando,
porque algunos manejan si o si manejo de dbs con un solo esquema (aunque en otros motores los esquemas vienen a ser las mismas dbs),
y otros si permiten manejar varios esquemas dentro de una db.

Teniendo esto en mente, si el motor permite crear
esquemas dentro de una bd y se tiene clara la segmentación
entre aplicaciones que manejarán los mismos, podría ser la mejor opción.

Si por otra parte, el motor solo permite crear bds sin manejar esquemas
internos, lo que se podría hacer es simplemente manejar esta db y
temas como permisos de aplicaciones o demás controlarlos con la creación
de distintos usuarios en la bd con diferentes niveles de acceso (SELECT, INSERT, etc) dependiendo de cada necesidad.

Pero sin importar la decisión que se tome, lo que no varía es la implementación
de los querys, que sin importar si se manejan o no esquemas van a entrar en juego, pero claramente, si se tienen que tener en cuenta los esquemas
a la hora de crear el query para no apuntar a sitios incorrectos si estos son implementados.