como bien dices, el problema es que javascript inserta esos estilos directo en el HTML (en linea)
dado que la jerarquia de esos estilos pesan mas que los de hojas de estilo el navegador ignora tus nuevos estilos., para solventarlo tienes dos opciones.
1.- usa javascript para cambiar ese valo acorde a la pantalla
2.- usa la propiedad !important
Código CSS:
Ver original@media (min-width:1024px){
#menu{
position: static;
transform:translateX(0%)!important;
}
}