Es buena practicar crear varias bases de datos y relacionarlas

[gnzsoloyo]

Usualmente, y hablando desde la perspectiva del Analisis de Sistemas, si existe dependencia funcional (esencialmente dependencia definida por FK) entre las tablas, se trata de componentes del mismo esquema o BBDD.
Pero si se trata de dependencias que pueden ser alimentadas por interfaces o vistas, estas NO componen el mismo esquema.

Normalmente, en las clases de BBDD en la universidad, el titular de la cátedra solía explicarnos que si el esquema de datos de un área de gestion no comparte completamente datos con otra área, esto requiere restricciones de acceso que son administradas por permisos a esquemas diferentes. En pocas palabras, no es correcto poner los datos comerciales (Facturacion, precios, stock) en el mismo esquema de gestion administrativa interna (Usuario, Accesos, Departamentos, Gerencias).
¿Se entiende?
Mientras mas desagregacion de áreas y responsabilidades tienes en la empresa, mas desagregacion debes aplicar al diseño de diferentes BBDD.

En mi experiencia práctica con empresas grandes, TODO acceso a datos que no sean específicos de un área determinada, deben ser intermediados por servicios de Middleware, o colocados en esquemas separados de donde sólo se CONSULTAN. DE este modo el acceso a datos es administrable de una forma eficiente y efectiva.