Buenas,
Tras darle 4 vueltas de tuerca, pienso...
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Iniciado por woselwosel 
1- Este redirect no guarda la información de REFERR. Es decir, la informacion de GCLID si viene de Adwords, o los UTM si viene de una campaña de newsletter, por ejemplo. Es decir, en Analytics no veo etiquetado ese tráfico correctamente.
Al efectuar la redirección (a saber como la verdad) el propio certificado SSL, si hay perdida de variables de traspaso de las campañas de AdWords, lo mejor que puedes hacer - sin lugar a dudas - es modificar las URLs de los anuncios de AdWords para que las mismas contemplen las nuevas URLs con HTTPS
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Iniciado por woselwosel 2- Si intento meterle un redirect 301 que sea compatible con el punto 1, no sé qué pasa con el redirect propio del SSL. Lo desactivo? Algunos codigos de 301 que he probado me petan la web con el mensaje "too many redirects".
Con el código de tu HTACCESS podremos ver mejor donde pueden estar los fallos, pero remitiré a una de esas máximas que cualquiera de los presentes con unos cuantos años sobre sus espaldas respaldaría sin dudarlo:
- "Si algo funciona, no lo toques"
Para mi es punto es interesante, pues una de las condiciones establecidas en HTACCESS entra en conflicto con otras, puede que incluso se realicen 2 redirecciones en lugar de una... pero lo dicho anteriormente, con el HTACCESS lo podríamos ver todos mejor.
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Iniciado por woselwosel 4- Qué hago con los enlaces externos que tienen el enlace con HTTP? El tráfico entra, pero en Analytics no se ve, o al menos no se ve bien (no estoy seguro si se clasifica como DIRECT o si ni siquiera se ve).
Absolutamente NADA... Si hay establecida una redirección 301 no solo se redirige el tráfico entrante sino que también el linkjuice de los enlaces de HTTP.
Saludos