Tienes un espacio antes de \t, será por eso que no funciona?
Además, puedes usar arrays para hacer varios reemplazos a la vez:
Código PHP:
Ver original// Primero lo que vas a buscar:
$buscar = ["\r\n", "\t"];
// Luego los reemplazos, en el mismo orden:
$reemplazar = ["|\r\n", '|'];
// Aplicas el cambio:
También insisto en la ventaja de usar file_get_contents() para leer el archivo en un solo paso.