En mi caso, cuando publico aplicaciones con .net siempre las convierto en "aplication":
Copio los archivos del proyecto ejecutable en una carpeta dentro del website:
c:\inetpub\wwwroot\misitio1\miaplicacion01
Luego, desde el IIS, con click derecho sobre la carpeta "miaplicacion01", le digo "convertir en aplicacion" y le pongo como nombre el mismo "miaplicacion01"
https://www.codeproject.com/Articles...Web-App-in-IIS https://geeks.ms/sergiotarrillo/2010...y-application/
y ya con eso debiera responderte los .aspx (si tienes habilitado .net en tu IIS) desde el navegador con:
www.misitio/miaplicacion01/default.aspx