Para que eso no ocurra debes omitir el nodo de HTML y hacer el push directamente al array principal y lo de las comas, bueno eso no lo puedes evitar, ya que es el separador de cada elemento del array:
Código PHP:
Ver original$sql_timeline="SELECT ID_conversaciones, usuario FROM conversaciones_marpaca WHERE usuario = 'manuel'";
$publicacion_id = $rs[0];
array_push($sale, '<div class="nombre-main"><h1 class="titulo-nombre">'.$rs[1].'</h1></div>');
};
esi evita los corchetes al hacer la inserción al array principal