Si estan en el mismo servidor puedes usar nombres de 3 partes para saber si el esquema existe en la otra base, si estan en servidores diferentes pues tendrias que usar nombres de 4 partes.
seria algo asi:
Mismo Server
Código SQL:
Ver originalSELECT * FROM database_name.sys.schemas
Otro Servidor
Código SQL:
Ver originalSELECT * FROM server_name.database_name.sys.schemas
Ojo para conectarte al otro servidor deberas de hacer un linked server.