Si tienes 3 campos definidos para c/u de las imagenes y, tambien definidas en la base de datos 3 campos para ellas, no veo la necesidad del array en el formulario de envio... simplemente has 1 campo input file por cada unas de las 3, con los nombres: imagen_1, imagen_2 e imagen_3
luego las recibes c/u en sus variables respectivas y haces con un simple if la comprobacion para saber cuales actualizar:
Código PHP:
Ver originalif(empty($_FILE['imagen_1'])){ //esta vacia, el usuario no la actualizo, no hay que incluirla en el update
}