Problemas con lectura de directorio de archivos

[Triby]

Tu problema es solo de lógica, porque:

Código PHP:

if ($contador > 5)
            {
                //cerramos la fila
                echo "</tr>";
                $contador = 1;
            }
            else
 

Si el contador es igual a 5, lo reinicias, cierras la fila y.... omites el archivo!!!

Sobra el else en ese if.

Aparte, estás manipulando el contador antes de saber si vas a tomar en cuenta el archivo o no, lo más adecuado es que desde que obtienes hagas las comparaciones adecuadas:

Código PHP:

if (is_dir($archivo) || $archivo == 'listado.php') // verificamos si es directorio o archivo php
        {
            //no pasa nada
        }
        else