Yo genere ese archivo a partir de varios pedasos que encontre por la web, un JS con paises y otro con Ciudades, el detalle es que en mi caso yo solo ocupaba tener todo eso pero de El Salvador, asi que en mis sistemas no ocupo las ciudades, solo países y los departamentos, municipios de ES.
Mire lo de los estados no lo ocupe, pero eso no indica que en la web no halla alguien que tenga una lista de los estados de cada país (a los cuales solo les colocaria el codigo de pais tal cual las ciudades ahorita) es mas dudo que necesite los estados de todos los paises, mas bien se ocuparian los estados de X o Y paises, asi que si ese es su caso, haga lo que yo, solo consiga los de los paises donde mas va a trabajar. En mi sistema mas grande, si alguien no es de El Salvador, por medio de JS escondo el selector de departamento y pongo un textbox para que coloquen la ciudad de ese pais elegido anteriormente, me sale mucho mejor que cargar con tanta ciudad mi DB
Con lo de tener todo en una base, pues no es que se haga tan tan complicado meterlos, por eso los deje en un Excel, porque solo copia y pega en las tablas con la debida estructura.