Como respuesta al debate generado, si elaboras bien la parte correspondiente al archivo .htaccess, no debería producirse ninguna falla. Una ventaja enorme que ofrece elaborar las URL amigables con la configuración en el .htaccess es que se puede obtener resultados mucho más amigables y orientados al SEO en cuanto a las búsquedas se refiere. No es lo mismo una ruta del tipo
www.ejemplo.com/noticias/index.php?search=liga%20de%20campeones
que
www.ejemplo.com/noticias/liga-de-campeones
. Eso no lo vas a lograr ni realizando la mejor organización de carpetas que puedas idear.