Creo que hay una confusión de términos.
Cuando se dice que los archivos están "separados", quiere decir que son independientes. En otras palabras, para este ejemplo, tendrías un archivo HTML y dos archivos JS. Para acceder a las funciones declaradas en un archivo JS cualquiera, tienes que incluirlo en el archivo desde el cual las invocarás; de otro modo, no podrás acceder a ellas.
