Consulta complicada

[Libras]

con un case en tu ultimo select :) algo como esto:

Código MySQL:

SELECT materias.materia,
case
  when materia='Fisica' and calificacion<=5 then 'R' else calificacion end as calificacion
FROM materias 
 
LEFT OUTER JOIN(SELECT * 
FROM calificaciones 
WHERE calificaciones.parcial=1 
AND calificaciones.cicloescolar_id=1 
AND calificaciones.semestres_has_secciones_id=14 
AND calificaciones.alumnos_id=10 
) cali 
ON materias.id = cali.materias_id 
WHERE materias.semestre_id=2