Logre que funcione la consulta, pero con el siguiente código me lista sólo la primera lista, la segunda queda vacía...
$sql1= "select seccion.id, seccion, materia.id, materia from seccion, materia";
$query = $con->query($sql1);
<div class="form-group">
<label for="materia">Materia</label>
<select class="form-control" id="materia" name="materia" placeholder="Materia">
<?php while ($r=$query->fetch_array()){ ?>
<option value="<?php echo $r['materia.id']?>"><?php echo $r['materia']?></option><?php }?>
</select>
</div>
<div class="form-group">
<label for="seccion">Sección</label>
<select class="form-control" id="seccion" name="seccion" placeholder="Sección">
<?php while ($r=$query->fetch_array()){ ?>
<option value="<?php echo $r['seccion.id']?>"><?php echo $r['seccion']?></option><?php }?>
</select>
</div>