Lo realicé así (como entendí) y no funciona...
$sql1= "select materia.id, materia.materia, seccion.id, seccion.seccion, docente.id, docente.nombres, aula.id, aula.aula from materia, docente, aula, seccion";
$query = $con->query($sql1);
<div class="form-group">
<label for="seccion">Sección</label>
<select class="form-control" id="seccion" name="seccion" placeholder="Sección">
<?php while ($r=$query->fetch_array()){ ?>
<option value="<?php echo $r['seccion.id']?>"><?php echo $r['seccion.seccion']?></option><?php }?>
</select>
</div>