mejor lugar para guardar los includes

[rbczgz]

Hola azaz,

Realmente da lo mismo dónde los guardes, lo importante es que las rutas estén bien para que los puedas usar debidamente, teniendo las rutas correctas, da lo mismo que los guardes dentro que fuera del raíz, si tanta "paranoia" te da el tema de la seguridad, fuera del raíz no puede acceder nadie directamente, por lo que sería el lugar indicado.

Y, como te dice el compañero petit89, con un index en blanco evitas que se listen los archivos, aunque hay otras formas: configuración del servidor, .htaccess.