Creo que te sobra lo de poner de nuevo el enlace en <a href="...">
El enlace debería de ser:
echo '<td><a href="javascript
:abreventana();">'.$row["titulo"].'</a></td>';
y el script del popup pues:
<script language="JavaScript">
<!--
function abreventana(){
window.open("desplegar.php3?titulo='.urlencode($ro w["titulo"]).'","_blank"," toolbar=no,menubar=no,scrollbars=yes,location=yes,
status=no,width=700,height=650");
}
//-->
</script>
Espero que tenga razón. Un saludo