Hola,
1. Pasa rkhunter, chkrootkit, maldet y LMD.
2. ¿Tienes el PHP securizado? ¿Que tienes puesto en las disable_functions de php?
http://blog.educacionit.com/2013/02/...es-peligrosas/ https://www.eukhost.com/blog/webhost...t-be-disabled/
3. ¿Tienes modsecurity instalado?
¿Si dices que la aplicación PHP es insegura no será mejor que tu programador revise su código antes de nada?
Sobre lo que te han comentado del SMTP:
https://help.dreamhost.com/hc/en-us/...mail-via-SMTP-
¿En la aplicación de php tienes algún file upload? Lo más seguro es que desde ahí te hayan subido una webshell a /tmp o a /var/tmp
http://resources.infosecinstitute.co...ell-detection/ http://www.hackplayers.com/2011/12/d...n-neopi-y.html https://pentestlab.blog/2012/11/29/b...-restrictions/ https://pentestlab.blog/2012/11/19/abusing-file-upload/
Ya tienes para estudiar...