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Iniciado por Euclides64 
Hola, buenas noches.
He entrado en el foro para decir que ya tenia la solución y veo la nueva respuesta de primary, la he traspasado a mi proyecto y efectivamente, funciona.
La solución que yo le había dado es el huevo de Colón, solo había que ir modificando registro a registro y nada más facil que:
Código PHP:
$query_msjLin = $form_db -> query ("SELECT * FROM lineas_fact WHERE num_fact='$num_fact' ORDER BY numero_linea ASC");
$row_msjLin = mysqli_fetch_assoc($query_msjLin);
$TotalLineas = mysqli_num_rows($query_msjLin);
if ($TotalLineas > 1){
do{
$row = $row_msjLin['id'];
$consulta="UPDATE lineas_fact SET numero_linea=$a WHERE id=".$row." ORDER BY numero_linea ASC";
$resultado=mysqli_query($form_db,$consulta);
$a++;
}while ($row_msjLin = mysqli_fetch_assoc($query_msjLin));
}
mysqli_close($form_db);
Que verguenza, lo mejor es desconectar y retomar el problema con la cabeza despejada.
Muchas grácias a todos.
Saludos.
Jeje verguenza nada suele pasar
Mi recomendacion es no utilizar los id que seguro es un autoincrement ademas si solo necesitas el id cambia * por id sera mas rapida la sql y aparte quitar el order by del update no sirve para nada tambien el ASC viene por defecto lo puedes omitir.
Supongo que esas cosas ya lo sabias pero por si acaso.
Saludos.