Bueno, como lo resolví fue iterando nuevamento por la colacción de nacimientos que tiene la embarazada a modificar y preguntando en cada uno de los elementos si es nuevo, es decir si el id ===null, en ese caso, persistirlo.
Código PHP:
foreach ($embarazada->getNacimientos() as $nacimiento)
{
if (is_null($nacimiento->getId()))
{
$nacimiento->setMadre($embarazada);
$nacimiento->setHospital($ingreso->getUnidadDeIngreso());
$nacimiento->setMunicipioPertenece($embarazada->getEstructuraOrganizativa()->getParent()->getParent()->getParent());
$nacimiento->setAnho(intval($nacimiento->getFechaNacimiento()->format('Y')));
$nacimiento->setEdadMadre($nacimiento->getMadre()->getEdad(new DateTime($nacimiento->getFechaNacimiento()->format('Y-m-d'))));
$nacimiento->setSemanaGestacionMadre($embarazada->getEdadGestacional(new DateTime($nacimiento->getFechaNacimiento()->format('Y-m-d'))));
$nacimiento->setTipoPartoDeLaMadre($nacimiento->getMadre()->getTipoPartoTuvo());
$nacimiento->setNumero($contador);
$nacimiento->setDireccionParticular($embarazada->getDireccionParticular());
// la fecha de finalizado el embarazo tomara la fecha de nacimiento de la ultima criatura.
$embarazada->setFechaFinalizado(new DateTime($nacimiento->getFechaNacimiento()->format('Y-m-d')));
$embarazada->setEdadGestacionalFinaliza($embarazada->getEdadGestacional(new DateTime($nacimiento->getFechaNacimiento()->format('Y-m-d'))));
$embarazada->getNacimientos()->add($nacimiento);
$em->persist($nacimiento);
$contador++;
}
}
No se si sea lo óptimo, en definitiva las colecciones de nacidos asociados a la embarzada para convertirla en puérpera no son muy grandes a menos que el usuario se ponga a jugar agregandolo hijos a la colección.
Culaquier mejora por favor explíquenme !!!!!