Hola.
Pues podrías importar directamente la información en una base de datos y a partir de ahí trabajar la información con un código que te permita organizarlo.
Esta carga la podrías hacer con un código como éste:
http://blog.fossasia.org/import-exce...ase-using-php/ (eso, en caso lo hagas en PHP).
Eso te permitiría controlar si es que se están queriendo ingresar datos repetidos, de forma que puedes mantener la información sin registros duplicados.
Espero que te sea de ayuda.
Saludos.