Hola,
Lo ideal, en un mundo perfecto, sería con un dominio para cada país con su extension ccTLD correspondiente y posicionar cada uno de ellos por separado.
Con los subdirectorios, la configuración de cada sitio es la misma. Trabaja sobre el mismo VirtualHost de Apache. Si Google te penalizan un subdirectorio, te afecta a los demás también.
Con los subdominios cada sitio se trata de forma independiente. Es otro dominio aparte. Es decir, otro VirtualHost de Apache independiente. Si te penalizan uno, no afecta a los demás subdominios.
Si no dispones de mucho dinero para comprar dominios ccTLD para cada region, lo mejor va a ser que lo hagas con un subdominio por cada site. Para tratarlos de forma independiente. Es decir, un VirtualHost por cada site. Es lo mejor.
https://support.google.com/webmaster...r/182192?hl=es https://www.1and1.es/digitalguide/do...eo-de-los-url/ <--- Aunque sean 1and1, algo sabrán. xD
http://www.rusalia.com/dominio-subdo...irectorio-seo/ https://manuais.iessanclemente.net/i...b_multi-idioma