Prueba esto:
Código PHP:
$conn = $this->getDoctrine()->getManager()->getConnection();
$conn->close();
$params = $conn->getParams();
$params['dbname'] = $miVariable; //En este array puedes cambiar también los demás parámetros
$conn->__construct($params, $conn->getDriver(), $conn->getConfiguration(), $conn->getEventManager());