Gracias por responder @sustentio
Cita: no tiene sentido abrir aplicaciones standalone (escritorio) desde un aplicativo web, para empezar de que no necesariamente el navegador en donde la visualices sea el mismo servidor.
Pues como ya he dicho estoy haciendo algunas herramientas utilitarias personales en PHP,
así que para mi tiene sentido ... y te aseguro que mucho.
En el ejemplo puse solo notepad para no complicarlo, pero quiero abrir también los scripts php js etc con el notepad++ desde mi pagina (verlo como un panel control personal que no lo voy a poner online ... solo para local me ayuda mucho)
He hecho incluso un buscador mio para las funciones etc
Nunca no trabajo con archivos kilometricos ... cada función php, js, cada clase css, variables globales , constantes etc ... en su en su fichero separado ... luego he hecho automatizaciones para que se van juntando (despues de pasar para minificarlos por html-minifier, UglifyJS, cleancss, yakpro-po (para php) etc)
Entonces para todo esto la estructura de carpetas es un poco engorrosa de ir abriendo por el explorer un montón de carpetas hasta que llegas a cada fichero y por esto quiero hacerlo desde mi "panel control".
[SOLUCIONADO]
Volviendo al tema, lo he solucionado deshabilitando por completo el servicio de apache y abrir apache con el comando httpd.exe (hare un .bat para no tener que escribirlo siempre)
Ahora si, exec() funciona correctamente incluso para abrir programas GUI locales.
Lo dejo aquí por si acaso alguien mas esta buscando lo mismo