Mostrar datos almacenado por medio de Checkbox

[danicasas]

El problema es que tienes un while dentro de otro, así se multiplican los checkbox.
podrías probar algo así:

Leer las categorías
Leer las categorías del usuario
Hacer un array con las caregorías y marcar con 'true' las que tiene asignadas el usuario
Un bucle con el array para imprimir los checkbox

Código PHP:

$user_cat = array();
while($Nivelesrow=$consultaNiveles->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) 
{
    $user_cat[$Nivelesrow['IdNivel']] = [
    'id' => $Nivelesrow['IdNivel'],
    'nombre' => $Nivelesrow['NombreNivel'],
    'asignado' => false
    ];
}
...
while($Asignarow=$consultaNivelesAsig->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)){
    $user_cat[$Asignarow['Nivel']]['asignado'] = true;
}
foreach ($user_cat as $categoria){
    if($categoria['asignado'] == true{
    ...
    }else{
    ...
    }
}