Bueno, la verdad es que nunca he tenido que usar java con PHP. Y ahora he hecho las pruebas con mi PHP de casa siguiendo las instrucciones del manual. No he tenido que compilar nada. Mi version de PHP tenia en el subdirectorio /extensions/ la dll php_java.dll. Ha sido simplemente descomentar esa extension en el php.ini y poner en la seccion del php.ini de java los paths correspondientes a donde tengo instalado el jdk y demas:
[Java]
java.class.path = "c:\php\java\php_java.jar"
java.home = "c:\jdk1.3.1"
java.library = "c:\jdk1.3.1\jre\bin\server\jvm.dll"
java.library.path = "c:\php\extensions\"
Asi me funciona sin apache ni tomcat. Y tambien abriendo la pagina por el navagador (
http://localhost/java.php). El codigo es el del primer ejemplo del manual.
Siento no poder ayudarte mas, pero esta ha sido mi unica experiencia PHP-Java.
Suerte.