Hola se me ocurre que puedes hacer algo como esto (No tengo idea si funcionará):
Por otro lado lo que dice
pateketrueke es algo que por ejemplo:
1) Tu interfaz web escriba en un archivo algo "start" (o cualquier otra cosa o no se)
2) Desde tu sistema (cron en linux o task schedule en windows) corran un script php (algo como /ruta/al/interprete/php /ruta/a/tu/script.php y este lea el mismo archivo que la interfaz web pero en este caso si encuentra la palabra "start" que haga lo que tenga que hacer y se tome el tiempo que se tenga que tomar (al termnar dejaría en blaco el archivo (disculpar lo arcaico del ejemplo pero no se me ocurrió otra manera rápida)
Saludos.