Cita: Mi duda es si es recomendable hacer tantas consultas SQL seguidas, o hay otra forma mejor de hacerlo. Gracias
No creo que sea problema, porque precisamente para esos han sido diseñadas las bases de datos: si no, imagina el terror de hacer tantas consultas.
Tu "error" radica en cómo ejecutas PHP para realizar dichas consultas ¿es necesario?
Es decir, ¿no podrías sencillamente ejecutar dicho SQL directamente?
¿Por qué es necesario hacerlo a través de PHP?
Si eso último es inevitable, deberías considerar el mandar dicho proceso fuera del contexto web: porque eso, en definitiva, es una pésima práctica.
Las limitaciones, o bien, la configuración de límite de ejecución (sobre todo) aplica únicamente para contexto CGI, pero si usas el contexto CLI éstas limitantes desaparecen.