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Iniciado por metacortex 
Hola, cuando cambias la estructura de tus URL, WordPress conserva la versión previa de tu antigua dirección en la base de datos como un postmeta, de manera que cuando alguien accede a la URL antigua, el sistema redirecciona a la nueva. Google por su parte permite una redirección sin afectar tu SEO (si mal no recuerdo creo que hasta 2, pero no estoy seguro), así que para ti sólo sería cuestión de cambiar tus enlaces y esperar que Google actualice su caché con la nueva información.
PD: No recomiendo tocar el .htaccess (al menos no para esto).
Pero si cambias y tienes miles de entradas, ¿eso no forzará mucho? Pensaba que era mejor hacer una redirección 301 desde el .htaccess.