Esa forma con parámetros es la misma que aparece en el Link del manual que te pase.
Código PHP:
<?php
/* Ejecuta una sentencia preparada pasando un array de valores */
$sth = $dbh->prepare('SELECT name, colour, calories
FROM fruit
WHERE calories < ? AND colour = ?');
$sth->execute(array(150, 'red'));
$red = $sth->fetchAll();
$sth->execute(array(175, 'yellow'));
$yellow = $sth->fetchAll();
?>
Simplemente no cierres la conexión mientras necesites hacer consultas, cierra la una vez que acabes de hacer las peticiones a la base de datos. Y siendo la misma consulta pero con diferentes valores, sólo tienes que ejecutarla pasando lus nuevos valores.
Si vas a hacer una consulta preparada, no tiene ningún sentido que en la preparación establezcas los valores, ya que se pierde toda la exención de las consultas preparadas.
Aquí tienes info al respecto
El manual de PHP es muy completo y con muchos ejemplos prácticos y sinceramente estando en castellano que mejor fuente que la oficial?
Cuando tengas dudas alguna función del lenguaje, lo mejor es leer el manual, para hacerte una idea de como funciona. php.net no sólo tiene documentación del lenguaje, consta con mucha información adicional.
Por ejemplo
Manual de PDO contacto con varios apartados explicando el funcionamiento.