Inputs number: borrar inputs y actualizar total

[siddartha23]

Son dos cosas:

1) En la línea 14 la variable esto debería estar haciendo referencia al contenedor .elemento osea $(this).parent() ya que vas a necesitar acceder a ese elemento en dos ocasiones, uno, para ocultarlo visualmente y dos para eliminarlo junto a todos sus nodos.
En tu función, esto hace referencia al span y solo eliminas el span, por eso cuando vuelve a hacer la suma, sigue tomando en cuanta el input que se ocultó pero sigue en el DOM.

2) El callback de la función slideUp para saber en que momento se ha terminado la animación, se ejecuta con un timer, las otras funciones que estén en el mismo scope no esperan que se ejecute el callback para ejecutarse, es decir el slideUp y el obtenerTotal() se ejecutan casi al mismo tiempo antes de borrar el input, por eso necesitas mover tu función obtenerTotal() dentro de la función callback, luego de remover el elemento.