Hola:
Para ejecutar desde java un comando externo, tienes la clase Runtime y su método exec(). Quizás esto te sirva de ayuda
http://www.chuidiang.com/java/ejempl...me/runtime.php
En cuanto a la barra de progreso, efectivamente, con ajax. ¿Tienes forma de saber cómo va progresando el comando y lo que le falta?
Se bueno.