En realidad es muy simple utiliza json_decode con el segundo argumento a true.
Código PHP:
Ver original$json = '{
"metadata.title": "",
"metadata.description": "",
"metadata.keywords": "",
"metadata.robots": "",
"metadata.author": "",
"config.enable_comments": "0",
"config.primary_category": "27"
}';
$category = $decode['config.primary_category'];